四川贡嘎山国家级自然保护区的保护管辖范围包括甘孜藏族自治州的泸定县、康定县、九龙县和雅安市的石棉县。 四川贡嘎山国家级自然保护区管理局于2003年8月成立，是隶属于甘孜州林业局的副县级事业单位，经费来源为财政全额拨款。

核定编制20人。局本部在康定县新区，下设综合科、保护科及康定管理处、泸定管理处、九龙管理处，并指导石棉管理处的工作。

石棉管理处负责管理四川贡嘎山国家级自然保护区石棉县部分的各类资源，行政上隶属于雅安市石棉县林业局，经费来源为财政全额拨款。下设办公室、多经科、保护科。